V projektu plánujeme objasnit molekulární mechanismus rozpoznávání mezi novým typem tyrozinové transponázy z rodiny IS200/IS605, RAYT, a jednovláknovými DNA, ssDNA. RAYT z Escherichia coli and Xanthomonas campestris se váží a následně střihají specifickésekvence DNA, tzv. REP elementy, které fyzicky navazují na geny kódující RAYT. Mobilita REP sekvencí je významný faktor plasticity prokaryotického genomu. Pro pochopení komplexních procesů rozpoznávání proteinu s DNA v systému RAYT/REP kombinujeme termodynamická a kinetická měření metodou povrchové plasmonové resonance (SPR) a krystalovou strukturní analýzu. Komplementární energetické a strukturní pohledy na interakci odhalí roli variability a dynamiky residuí zprostředkujících interakci. Důkladná biofyzikální charakterizace (ne)vazebných sekvencí ssDNA odhalí roli energeticky málo stabilních, ale kineticky nedostupných (trapped) struktur DNA v procesu rozpoznání. Poznatky získané v projektu nám umožní odhalit významné a biologicky relevantní paralelymezi chováním ssDNA a RNA.
Menu